根据权威信息源综合分析，《甄嬛传》中甄嬛与眉庄的矛盾主要发生在以下两集：

第36集

甄嬛为华妃复位设计陷害，安陵容向眉庄透露此事，导致眉庄误会甄嬛的用意，两人关系开始出现裂痕。

第37集

甄嬛因涉及皇上面对华妃的决策，不便解释实情，进一步加深了眉庄的猜忌。此时安陵容试图挑拨两人关系，但被眉庄识破并反唇相讥，矛盾激化。

补充说明：

两人后续在华妃覆灭后关系修复，但矛盾核心集中在上述两集。- 部分非权威来源提到的第40集或第41集，属于后续和解或共同对抗华妃的情节，并非矛盾爆发点。